Kaikki HYMNOS-vuosikirjassa julkaistaviksi aiotut tutkimusartikkelit käyvät läpi vertaisarvioinnin. Julkaisuehdotukset käsittelee kullekin vuosikirjalle erikseen valittava toimittaja tai toimituskunta, joka myös suorittaa alustavan arvion käsikirjoituksen sopivuudesta julkaisuun ja lähettää sen vertaisarviointiin. Tarjottavan artikkelin täytyy olla aiemmin julkaisematon, eikä sitä saa ehdottaa samanaikaisesti toiseen julkaisufoorumiin.
Vertaisarvioinnissa noudatetaan kaksoissokkomenetelmää (double-blind). Toimittaja tai toimituskunta lähettää artikkelit anonyyminä kahdelle anonyymille asiantuntijalle, jotka arvioivat artikkelien julkaisukelpoisuuden. Arvioijat ovat toimituksen ulkopuolisia ja suhteessa arvioitavaan käsikirjoitukseen riippumattomia väitelleitä tutkijoita.
Arvioijien tehtävänä on arvioida aineiston kattavuutta, teoreettisen viitekehyksen hallintaa, tutkimuksen luotettavuutta ja tarkkuutta sekä tulosten omaperäisyyttä ja uutuusarvoa suhteessa aiempaan tutkimukseen. Kumpikin arvioija esittää joko artikkelin hylkäämistä tai hyväksymistä joko sellaisenaan tai määrätyin muutoksin.
Arvioijien lausuntojen pohjalta toimittaja tai toimituskunta tekee julkaisupäätöksen. Tekijälle lähetetään arvioijien lausunnot muutosehdotuksineen sekä tieto hyväksymisestä tai hylkäämisestä. Arvioijien lausuntojen lisäksi toimittaja tai toimituskunta voivat lähettää myös omia muutosehdotuksiaan. Hylätty teksti voidaan muutosten jälkeen lähettää uudelleen vertaisarvioitavaksi, mikäli toimittaja tai toimituskunta arvioivat sen parantuneen ratkaisevasti. Julkaistavan version täytyy kuitenkin aina olla kahden vertaisarvioijan hyväksymä.