Sysäyksen Hymnologian ja liturgiikan seuran perustamiseen antoi maaliskuussa 1995 pidetty hymnologisen tutkimuksen päivä, jonka Sibelius-Akatemian kirkkomusiikin osasto järjesti yhteistyössä Helsingin yliopiston teologisen tiedekunnan sekä Kirkon jumalanpalvelus- ja musiikkitoiminnan keskuksen kanssa. Seuran perustava kokous pidettiin tammikuussa 1996. Nimenä oli aluksi Hymnologian seura, mutta jo vuonna 1997 se muutettiin Hymnologian ja liturgiikan seuraksi.
Seura on järjestänyt seminaareja ja tapahtumia pääkaupunkiseudulla ja eri puolilla maata sekä itsenäisesti että yhteistyössä eri tahojen kanssa. Vanhan virsikirjan 300-vuotisjuhlaseminaari pidettiin Vaasassa vuonna 2001 ja Hemminki Maskulaisen virsikirjan 400-vuotisjuhlaseminaari Turussa vuonna 2005. Maaliskuussa 2014 seura järjesti yhdessä Taideyliopiston kanssa Jumalanpalvelus ja estetiikka -seminaarin, jonka esitelmien pohjalta julkaistiin myös Hymnos 2015 -vuosikirja. Lokakuussa 2014 seura oli mukana järjestämässä kansainvälistä Virsi – laulu – yhteiskunta -konferenssia Hanasaaren kurssikeskuksessa Espoossa. Siellä pidettyjen esitelmien pohjalta Kirkon tutkimuskeskus julkaisi julkaisusarjassaan (n:o 63) artikkelikokoelman vuonna 2016.
Vuosina 2015–2017 seura järjesti Kirkon talossa Helsingissä yhdessä Helsingin yliopiston teologisen tiedekunnan, Kirkkohallituksen ja Porvoon hiippakunnan kanssa kolme ekumeenista ja poikkitieteellistä symposiumia, joiden yhteisenä otsikkona oli Pyhyys. Erillisten symposiumien tarkemmat aiheet olivat Tila ja liike, Arkkitehtuurin ja liturgian yhteistyö (15.–16.4.2015), Pyhyys-käsite ja sen ymmärtäminen tänään (3.–4.3.2016) sekä Ääni ja valo, Jumalanpalveluselämä ja aistit (2.–3.3.2017). Näiden symposiumien esitelmien pohjalta laadittuja artikkeleja on Hymnos 2021 -vuosikirjassa.
Marraskuussa 2018 järjestettiin yhteistyössä Suomen Etnomusikologisen seuran kanssa kansainvälinen Music and the Sacred -konferenssi Tieteiden talolla Helsingissä. Sen esitelmien pohjalta ilmestyi keväällä 2021 seurojen yhteisjulkaisuna antologia Sounds Sanctified: Essays on Music and the Sacred, joka on samalla Hymnos 2020 -vuosikirja. Toukokuussa 2022 seura järjesti Tieteiden talon väistötiloissa (Aalto-yliopisto Töölö) kansainvälisen konferenssin otsikolla Kohtaamisia rajoilla ja yli rajojen – Möten vid gränser och över gränser – Encounters at Borders and across Borders. Sen seurauksena julkaistiin samalla otsikolla kaksi vuotta myöhemmin Hymnos 2024 -vuosikirja.
Hymnologian ja liturgiikan seura on ollut mukana järjestämässä Teologian ja uskonnontutkimuksen päiviä heti ensimmäisestä kerrasta vuonna 2020 lähtien. Kahden vuoden välein toistuvan tapahtuman järjestävät alan tieteelliset seurat yhteistyössä yliopistojen kanssa. Tapahtuma on järjestetty vuosina 2020 ja 2022 Helsingissä ja vuonna 2024 Turussa. Teologian ja uskonnontutkimuksen päivillä Hymnologian ja liturgiikan seura on tehnyt yhteistyötä The International Society for Orthodox Church Music -seuran kanssa järjestämällä yhdessä vuonna 2020 ja 2024 työryhmiä ja vuonna 2024 konsertin.
Alusta alkaen on pyritty toimittamaan hymnologian ja liturgiikan aloihin liittyviä Hymnos-vuosikirjoja. Vuodesta 2015 lähtien pääosa vuosikirjoissa julkaistuista artikkeleista on ollut vertaisarvioituja. Vuosikirjoihin ja niiden sisältöihin voi tutustua julkaisuluettelossa. Vuodesta 2024 lähtien Hymnos-vuosikirjat on julkaistu Edition.fi-palvelussa, jonne on tarkoitus siirtää myös kaikki vanhat vuosikirjat.
Vuodesta 2024 lähtien Hymnologian ja liturgiikan seura on julkaissut yleistajuista verkkolehteä, jonka nimi on Lähteiltä – Kirjoituksia hymnologiasta ja liturgiikasta, Skrifter om hymnologi och liturgik. Samasta vuodesta lähtien seura on myös julkaissut Journal.fi-palvelussa yhteistyössä Nordhymnin kanssa yhteispohjoismaista vertaisarvioitua Hymnologi – Nordisk tidsskrift -lehteä, joka on aiemmin ilmestynyt painettuna Tanskassa.
Vuonna 2018 Hymnologian ja liturgiikan seura hyväksyttiin Tieteellisten seurain valtuuskunnan jäsenseuraksi.
Seura on pitänyt tiiviisti yhteyttä yhteispohjoismaiseen hymnologian alan Nordhymn-tutkimusverkostoon sekä liturgiikan alan Leitourgia-verkostoon ja ollut mukana järjestämässä näiden kokoontumisia, kun ne ovat vuorollaan olleet Suomessa. Seuran jäseniä on ollut aktiivisesti mukana myös kansainvälisessä hymnologisessa seurassa Internationale Arbeitsgemeinschaft für Hymnologie, kansainvälisessä liturgisessa seurassa Societas Liturgica sekä Christian Congregational Music -tutkimusverkostossa.
Hymnologian ja liturgiikan seuran puheenjohtajina ovat toimineet TT Hannu Vapaavuori 1996–2002, professori Reijo Pajamo 2002–2008, dosentti Jaakko Rusama 2008–2013, FT Anna Maria Böckerman 2013–2018, MuT Jorma Hannikainen 2018–2022 sekä MuT, TM Samuli Korkalainen vuodesta 2022 lähtien.